Hledá se Nemo začíná ve chvíli, kdy je mladý klaun očkatý odchycen potápěčem a odvezen do Sydney. Jeho přehnaně opatrný otec Marlin proto opustí bezpečný útes a vydá se přes oceán za synem.
Dvě cesty ke stejné rodině
Andrew Stanton rozděluje příběh mezi Marlina s Dory na otevřeném moři a Nema v akváriu zubařské ordinace. Zatímco otec se musí naučit důvěřovat druhým a přijmout riziko, Nemo poprvé zjišťuje, že dokáže jednat samostatně i bez otcovy ochrany.
Dobrodružství tak není jen pátráním po ztraceném dítěti. Oba hrdinové se během odloučení mění a jejich setkání má smysl právě proto, že už na konci nejsou stejnými postavami jako na začátku.